Как выплачивать зарплату самозанятым?

Ну, вы можете просто переводить их зарплату на банковские карты, лично я не вижу в этом никаких проблем. Или, если у вас нет на это времени, найдите людей, которые будут делать это за вас.

Да зачем так напрягаться, кого-то нанимать и так далее? Существуют ведь различные сервисы, с помощью которых можно автоматизировать оплату труда для самозанятых. Например, вы можете настроить массовое или даже индивидуальное начисление зарплаты для самозанятых здесь http://qiwi.business/selfemployed/.